Mõis rajati Pahkla küla asemele 17. sajandi alguses. Mõisa peahoone oli pikk madala katusega ühekorruseline kivihoone, hoone tagaosaga liitus vasakul pool historitsistlik kivist tiibehitus. Peahoonele lisandusid arvukad kõrvalhooned.

Pahkla park oli aga suhteliselt suur ja liigirohke, selle pindala on 8 hektarit ning siin kasvas umbes 50 taimeliiki.

Legend räägib, et viimasel mõisaomanikul Lindemannil olid kõik hooned ükshaaval nagu iseenesest põlema läinud – kindlustushüvitise saamiseks. Hiljem elas mõisasüdames hulk inimesi ja seal olid karjalaudad.

Praegu on kogu mõisakompleks varemetes. Peahoone põhiosast on säilinud vähesed müüriosad. Kõrvalhoonetest ja peahoone tiibehitisest on säilinud enamik müüre. Park on aga võsastunud ja metsistunud.

Pahkla mõisa möldri pojana sündis Robert Theodor Hansen, kes tegi oma elutöö Iisakus. Ta asutas seal laulukoori, mis võttis osa I üldlaulupeost. Üldtuntud on Hanseni poolt viisistatud Lydia Koidula luuletus “Ema süda“. Hansen on loonud viise teistelegi L. Koidula luuletustele.